接着中山又报告类似病例。呼研所又派出专家，与广东省疾病预防控制中心（cdc）等其他单位的专家一起赶赴中山。1月21日，国家cdc的专家飞抵广州，当晚赶到中山。钟南山也于当天下午赶去调查指导。《关于中山市不明原因肺炎调查报告》连夜完成。23日，卫生厅向全省发出这份报告，即后来所称的2号文。
2号文首次将这场怪病定名为“非典型肺炎”，并初步确定了其流行病学特点、临床表现、治疗原则、预防措施和有关建议，因而成为非典型肺炎的“防治宝典”。
春节前后，广州的发病人数越来越多，不少医院因不大了解“非典”的传染性而遭到重创。这时，钟南山主动请缨，要求将最严重的病人送到呼研所。
作出这个决定需要很大的勇气。第一，当时病因不明，谁都没把握治好病人，治不好就等于砸了自己的牌子；第二，当时已经明确该病具有极强的传染性，病情越重，传染性越强。
钟南山没有考虑这些。他对全所同志说，考验我们的时候到了，我们本来就是研究呼吸疾病的，最艰巨的救治任务舍我其谁？
从此，一个个危重“非典”病人纷纷从其他医院转送过来。这些病人或合并感染，或多器官衰竭，治疗工作相当繁重，一个病例资料就相当于一个普通病区全部病人资料的总和。
钟南山只有一个信念：只要有1%的希望，就要尽100%的努力抢救每一个病人。他成立了由老中青三代呼吸病专家组成的攻关小组，夜以继日地查阅文献，严密观察病人的变化，细致记录各种可供研究的资料，终于找到了突破口：当肺部阴影不断增多，血氧监测有下降时，及时采用无创通气，病人的氧气吸入量就会增多，能较好地改善病人症状；当病人出现高热和肺部炎症加剧时，适当给予皮质激素，阻止肺部纤维化；而当病人继发细菌感染时，必须有针对性地使用抗生素。这些治疗措施后来被多家医院所采用，成为通用的救治方案。…,
钟南山始终奋战在救治病人第一线。有一个家庭，5口人有4人感染。其中大儿子情绪非常不稳，经常从隔离病区冲出来，说要见他太太，他舍不得他太太。钟南山就亲自去做思想工作，平定了他的情绪。
在钟南山的鼓舞和带动下，呼研所的医务人员像尖兵连的战士在一线冲锋陷阵。患者周某曾使很多医务人员感染，被转到呼研所后，医务人员是明明知道有危险，仍毫不畏惧地救治。可以说，在发病高峰期，救治一个重症患者，就像战士炸碉堡，救一个，就有一个医务人员被感染倒下。
在“前仆后继”的战斗中，呼研所一共有26位医务人员被感染。尽管如此，没有一个人逃避，没有一个人后悔。一些感染后治愈的医务人员重新披挂上阵，还笑言自己有了抗体，“百毒不侵”。
钟南山给全所人员慈父般的关爱。何医生是所里第一位感染“非典”的医生，她回忆起1月底感染住院的经历就十分感动，她说：“我住院的第二天，钟所长就打电话来询问情况。两天后，我的病情加重。钟所长当时在出差，连夜给我制订了治疗方案。对于每一位患病的医生，他都要一一听诊、看望。”有一位医生感染后，不能接听电话，在外地出差的钟南山就在晚上9时发手机短信，询问病情。
正是在钟南山的人格魅力感染下，呼研所的医务人员，勇敢地冲锋陷阵。
春节期间，广州的“非典”疫情一天天严重起来，新增发病患者越来越多。2月3日，大年初三，省卫生厅成立广东省非典型肺炎医疗救治专家指导小组。钟南山任组长。从此，他“名正言顺”地当起了“飞行”指导，哪里有需要，就往哪里奔。为了联络方便，平时很少使用手机的他24小时都开着手机。广州市大小医院，凡是收治了非典型肺炎病人的，只要有请求，他都随叫随到，悉心指导。有时甚至连广医一院的同事们都不知道他的行踪，因为他实在太忙，常常一个求救电话打来，只要手边暂时没有其他大事，就立刻出发，身边人都来不及通知。
2月11日，就在社会上各种谣传最盛的时候，省卫生厅举行记者见面会，钟南山以院士的身份郑重告诉大家，“非典”并不可怕，完全可防可治，大家应该配合政府和卫生部门，共同抗击疾病的挑衅。社会情绪开始安定了。人们也许不知道，记者见面会结束后，钟南山又拖着一身的疲惫，赶往一家医院参加会诊。
钟南山不仅几乎跑遍省里出现病例的每一个地方，还飞到北京、香港等地讲课指导。呼研所的专家，很多都是他的学生，也到全国各地“飞行指导”，北京、上海、山西、四川等地都印下了他们忙碌的足迹。有人开玩笑说：“要想请钟院士看病非常容易，得非典型肺炎就行了。”
钟南山的整个春节，都是在会诊和指导救治的忙碌中度过。他两年多没见的孙子从新西兰回来了，他也没时间亲近。甚至连除夕和元宵节都坚守在治疗一线。
毕竟钟南山已是66岁的老人了。呼研所的其他专家担心他的健康，主动提出替他去会诊，回来再向他汇报情况。但他并不领情，只要听说哪里有病人需要他，他马上就赶过去。
钟南山是想搞清楚规律。虽然当时已经知道近距离接触，可能感染“非典”，但他还是凑近患者，仔细检查。摸清规律，对拿出行之有效的救治方案很有帮助。比如，通过大量的观察和验证，钟南山提出对病人要早期使用皮质激素，这与传统治疗肺炎的方法相反。因为如果这时不用，患者肺部就会纤维化。再如，在给病人无创通气时，他提出通气也不能按常规，要小容量通气。因为此时患者肺已经硬了，按常规通气，通气量多，肺容易破。事后证明，这些措施都非常有效。…,
以钟南山为首的专家组一边指导救治全省病人，一边研究探讨治疗方案。3月9日，省卫生厅印发了凝聚他们大量心血的《广东省医院收治非典型肺炎病人工作指引》，再一次明确了诊断标准、治疗方案和出院标准，使各个医院都有章可循，大大促进了医院救治工作。目前，全省已有1000多名患者治愈出院，超过患者总数的80%.4月3日，世界卫生组织派出的专家组到广东考察。他们第一时间就与钟南山见面。一番交流和探讨之后，他们竖起大拇指说，钟南山收集的病例资料非常详细，也非常多，以他为首的广东专家摸索出来的治疗经验，对全世界抗击非典型肺炎有指导意义。
“非典”病因扑朔迷离，令钟南山心急如焚，他深深明白作为科学家的责任，忘我地投入关于“非典”的科研中。救治“非典”病人，专家们遇到的最大的难题是该病发病急，病情变化快，规律很难捉摸，而且没有现成的治疗经验可以参考。为了攻克难关，钟南山带着呼研所专家不断就病人的病情展开研讨，在临床上严密观察病人的变化，细致地记录各种可供研究的参数，翻阅各类资料文献，上网搜索相关的病例，只要能从中查出一点关于这种疾病治疗方法的“蛛丝马迹”，就马上召集大家研究讨论。
探索是艰辛的。钟南山经常夜不能寐，书房的灯光也亮彻通宵。功夫不负有心人，经过大量的研究，他们终于摸索出一套行之有效的治疗方法。但病原体的寻找迟迟没有突破。
对于病因，有人怀疑是衣原体感染。但根据以往的经验，假如是衣原体感染，患者应该有上呼吸道炎症。为了作出准确判断，钟南山亲自观察病人的口腔，得出所有病例均无上呼吸道感染的结论，对广东及时制定救治方案提供了重要的决策依据。军团菌？不是。禽流感？炭疽？鼠疫？都不是。一个又一个可能性被排除了。
钟南山通过各种途径寻找病因。他想到了与香港合作。香港搞了十几年的流感、禽流感研究，积累了丰富的经验。2月上旬，在广州市科技局及卫生局的领导下，钟南山牵头广州地区的有关专家，与香港大学医学院微生物学系共同合作，成立了“广州非典型肺炎流行病学、病原学及临床诊治课题小组”。
合作终于取得突破。4月初，他们拿出了成果。在对40余例非典型肺炎患者的呼吸道分泌物及双份血清检测中，已分离出2株冠状病毒，经检测初步认定：冠状病毒极可能是本次广东“非典”的重要病原，虽然此次发现的冠状病毒与人类以前所知道的不同，但从形态学意义看，可断定为一种新的冠状病毒。
4月16日，世界卫生组织负责传染病的执行干事戴维。海曼宣布，经过全球科研人员的通力合作，终于正式确认冠状病毒的一个变种是引起非典型肺炎的病原体。在全球合作中，钟南山是一位始终处在治疗一线，科研方向清晰，治学严谨又富有协作精神的巨擘。
但这时候的钟南山在国内毕竟名声不显，王兆祥听陈锋推崇钟南山，便不由有些奇怪的反问道：“哦，你凭什么这么肯定？”
“爷爷，我刚才说了，我的直觉，你听我的，肯定不会有错的。”陈锋加强语气道。
王兆祥不由听得一乐，笑道：“小锋，你真的这么肯定？”…,
“是的，爷爷，我很肯定，我的直觉一向都很灵验的，要不然当初我怎么可能建立华腾集团？”
王兆祥闻言倒是重视了起来，连忙说道：“那好吧，爷爷就相信你，找人了解一下这位名叫钟南山的院士。”
陈锋闻言不由催促道：“好，这件事，越快越好，我相信在国内，也就钟院士能拿出行之有效的治疗方案出来。”
“嗯，爷爷知道了，先这么说，爷爷还有事情要忙。”
王兆祥说完后，就挂了电话。而陈锋此时，脑海中则在不断的回忆着前世有关非典的记忆。其中也是有关于钟南山的：2003年2月，钟南山院士勇敢地否定了卫生部所属国家疾病预防控制中心关于“典型衣原体是非典型肺炎病因”的观点，为广东卫生行政部门及时制定救治方案提供了决策论据。在此之前，卫生部国家疾病控制中心宣称在广东送去的两例死亡病例的肺组织标本切片里，用电子显微镜看到了非常典型和清楚的衣原体颗粒图像，其他如支原体、立克次体等也会引起非典型肺炎的病原体都没有发现。衣原体是一种体积比细菌小、比病毒大的第三类微生物，也是呼吸道疾病的常见致病原因或继发原因之一，也可以引起“非典型肺炎”。看电镜的专家是中国最权威的电子显微镜专家洪涛院士。稍有医疗常识的人都知道，在医院长期使用各种药物治疗的呼吸道疾病病人中，很多是后来继发感染衣原体的，这两个病人已经死亡，他们可能合并有多种病原体感染，只是衣原体在尸体上存活的时间较长而被检出。
历史中的那天晚上中央台的《新闻联播》正式宣布：“中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所报告，通过电镜观察发现两份死于本次肺炎病人的尸检肺标本上有典型的衣原体包含体，肺细胞浆内衣原体颗粒十分典型。广东省部分地区非典型肺炎的病原基本确定为衣原体。”晚上8时07分，新华社正式报道：“引起广东部分地区非典型肺炎的病原基本可确定为衣原体。”权威部门结论，通过权威媒体发布出来。这个消息公布后，很多人都意识到了事态严重性：如果按照衣原体的推荐特效药四环素及红霉类抗生素来治疗，治疗方案将大大简化，但如果“衣原体说”是错误的，我们可能将付出病人的生命代价。
一名全程参与广东省各地非典型肺炎病例救治工作的专家解释，衣原体是一种对抗菌素非常敏感的病原体，治疗首选红霉素，此外还可使用罗红霉素、罗力得、阿奇霉素、甲红霉素等，一般用药几天就会出现明显效果。但广州有医生曾对一批非典型肺炎病人试验性按“衣原体肺炎”治疗，选用上述抗菌素，结果病情不但没减轻，还出现了呼吸衰竭等恶化的迹象。
而官方公布的这个“衣原体说”很多医学专家都不认同，其中就包括钟南山，他认为这次非典型肺炎的传播、发病特征和临床治疗经验都不支持“衣原体”感染的结果。在接受记者采访时他表示震惊：“怎么可能是衣原体？我们用了那么多抗衣原体的抗生素怎么会一点效果都没有？”在两例死亡病例的肺组织找到衣原体，只能证实这两个病人携带了衣原体，并不能证实衣原体是致病原因，更不能代表广东全部305个病例(当时公布的最新病例数是305例)。甚至还尖锐指出，中国疾病控制中心没有征询广东临床专家意见就急于宣布结论，是非常草率的科研态度。…,
卫生部和广东的病原体之争就此开始，2月19日中午，中央电视台播出的国家疾病控制中心主任李立明的访谈，他推荐了几种对衣原体有效的抗生素，并强调对这种衣原体肺炎的治疗要全程、足量使用抗生素。但事后很多人都知道，他推荐的几种抗生素对非典完全没有丝毫疗效。
2月26日，国家疾病控制中心首席专家洪涛院士再次向广东报告，在送检的10份标本中检出衣原体阳性，其中1份呈强阳性，特效药是利福平。这个结论在广东医疗界又引起一次轩然大。当时已经收治了大量非典型肺炎病人的广州市胸科医院原本就是收治结核病人的专科医院，利福平是抗结核病的特效药，有结核病人就是在用利福平治疗期间被感染了非典型肺炎的……
人命关天。以工程院院士钟南山为首的广东专家再次坚持原来的治疗原则，没有采用利福平治疗。
3月1日，广东的临床和流行病学专家经过讨论，一致认为本次非典型肺炎是病毒感染的可能性大。衣原体不是肇事的司机，它只是车上的一个乘客。
3月4日晚上，钟南山在广州医学院接受记者采访时，再次表达“属病毒感染引起的肺炎”的看法。钟南山不是广东医疗界惟一表达持“病毒”观的专家，基本上当时所有的临床专家都根据经验判断是病毒性肺炎，但钟南山以工程院院士之尊敢于站出来反对国家疾病控制中心的权威说法，给广东医疗界打了一支强心针。大家决定，维持原来治疗方案，因为这种方案当时已经成功治愈了613名病人，累计报告的925例病例中，只有32例死亡，死亡率甚至低于其他肺炎，证明广东的治疗方案是有效的。
3月25日，美国疾病控制中心和香港大学微生物系宣布，非典病原体是来自猪的“冠状病毒”。不久，世界卫生组织的多个实验室也陆续找到冠状病毒。
3月28日，世界卫生组织正式将这次非典型肺炎命名为“冠状病毒严重呼吸系统综合症”，英文简称sars，世卫组织并指出sars已在全球蔓延。
4月10日下午，在北京市外事办公室举行的有关非典型肺炎的防治知识介绍会上，中国疾病预防控制中心病毒形态学研究室主任洪涛院士说，一个来自流行病源、传染、病毒、免疫等学科的25名专家组成的防治“非典型肺炎”攻关小组，已于8日成立，目前两种主要致病病毒已初步找到，衣原体培养已获成功，现正处于动物试验阶段。但目前哪种病毒为主要致病病因尚不清楚，洪涛倾向于两种病毒联合发生作用。国家疾病控制中心终于也找到了冠状病毒。但洪涛院士仍然对自己最早报告的“衣原体说”情有独钟。
4月11日下午，广州市呼吸疾病研究所也举行新闻发布会宣布找到冠状病毒。而事实上，广州市呼研所分离到冠状病毒的报告一周前已经层层上交，但国家疾病控制中心对此做了抢先发布。
4月12日，广东媒体在重要位置都刊登了这则消息，这是广东首次公布“冠状病毒”的结果。
4月16日，世界卫生组织在日内瓦宣布，经过全球科研人员的通力合作，正式确认冠状病毒的一个变种是引起非典型肺炎的病原体。因为把病人身上分离出来的冠状病毒接种到猩猩身上，猩猩发生了和人一样的非典型肺炎。建立了动物模型是证实病原体的“金标准”，就像癌症确诊的金标准和病理切片的报告结果一样。世界卫生组织估计，全球已经为此损失了300亿美元。这是全球发生“非典”疫情以来取得的最有价值的阶段性成果。病原体之争终于盖棺定论。
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