不过，古贺首次担任联合舰队司令长官就陷入了非常尴尬的处境。联合舰队此次集结被指责是史上效率最低的一次作战集结，从大本营发布命令到开拔居然历时152个小时，导致栗田健男的南方面舰队不得不在菲律宾海域独自对抗美国的主力舰队。一贯讲究高效率的日本海军倒不是因为骄纵自大而荒废了武功，这纯粹是东京大爆炸带来的后遗症海军参谋本部和舰政本部原属的将领、官员多半在那次庆典中殒命，后补的军官和官员们都是临危受命，许多人根本不熟悉新岗位的运作方式，很多受征召的退休人员也是久疏战阵。在联合舰队重建集结命令下达后，驻扎在本土南部的第3舰队便由于补给物资迟迟不到位而无法开拔，第1和第2舰队则因东京大爆炸后投入一线救援而导致了大面积的人员伤病减员，直到舰队开拔，部分舰艇还有10%的缺员，而大批后备人员和海军学员的加入迫使联合舰队不得不在航行途中开展各种训练，也由此发生了多次非技术性的事故，有几次都影响到了舰队的航程。面对以上诸多困难，古贺和他的助手们想尽了一切可想之办法，使出浑身解数才使得联合舰队得以尽早出发，所以从联合舰队指挥官的角度出发，古贺是不希望一抵达菲律宾就跟美国人面对面打一场硬仗的，如若美国舰队知难而退，那么他只会让联合舰队装模作样地进行追击。
联合舰队抵达菲律宾海域之时，驻扎在菲律宾的日军航空部队已持续48个小时未能监侦到美军舰队的踪迹，另有情报现实夏威夷美军似乎在为舰艇入港补充休整做大规模的准备工作。即便如此，古贺蜂一还是慎重地摆开了迎战架势，他令状况最好的两艘轻型航母连同部分轻舰艇编成侦察分舰队前往菲律宾东部海域进行战斗警戒，自己率领联合舰队主力在侦察分舰队后方两百海里处跟进，一旦侦察分舰队发现美军舰队踪迹，或是突然遭到敌人攻击，联合舰队主力立即以余下五艘航空母舰所载舰载机发动反击。
接下来的三天，日军出动舰载机三百多架次、陆基飞机两百多架次，对菲律宾以东海域进行了大范围、远距离的侦察，结果未能捕获美军舰队的踪迹，反而是夏威夷的谍报人员传回一条内容模糊的情报：望见美国舰队驶入珍珠港，有战列舰、航空母舰多艘。
古贺以为美国主力舰队真的返航夏威夷进行休整补充去了，他没有料到，美国人为这场局部战争酝酿和准备了很长时间，一开战便迅速动员起整个国家的力量来，甚至极尽所能地借助外部力量协助作战。哈尔西指挥的美国太平洋第1特混舰队看似孤军深入，实际上并不缺乏后援，斯普鲁恩斯指挥的第2特混舰队便在其身后悄悄扮演着补给船队的角色，第1特混舰队消耗的舰载机和飞行员、因伤返航的轻舰艇及伤亡舰员均由第2特混舰队及时补充。除此之外，美军还将百分之九十的潜艇部队投入到了太平洋战场，为舰队作战提供警戒、侦察、掩护，对菲律宾日军的海上航线实施破坏，并且建立起了一条隐秘水下航运线，为菲律宾抵抗联盟武装运送各种装备、弹药、器械、人员，使菲律宾日军顾此失彼……
基于手里掌握的各种情报信息，古贺决定率领舰队主力前往马尼拉，一方面让那些精神紧张的新手们稍稍放松一些，另一方面，他准备分派舰艇加强对菲律宾各岛屿的封锁，派遣陆战队协同陆军部队夺回被占领的城镇据点，绞杀菲律宾抵抗力量。适逢连日阴雨，担负侦察警戒任务的两艘轻型航母遂被召回，转由陆基航空部队和大型水上飞机进行远程侦察，那些装备雷达设备的轻巡洋舰和大型驱逐舰则负责机动警戒巡逻。结果，联合舰队主力刚刚驶入马尼拉湾，哈尔西便指挥着美国太平洋第1舰队杀回菲律宾海域，前一次美军夜袭马尼拉所造成的惨况让古贺蜂一的参谋幕僚们甚是惊惶，一贯淡定的古贺这下也大为紧张，他连夜率领主力舰艇驶离马尼拉，却遭美军潜艇部队埋伏。按照以往的作战经验，联合舰队那些加强了反潜能力的驱逐舰足以赶走那几艘借着月黑风高前来摸鱼的美军潜艇，然而美国人已经用上了声响自导鱼雷、磁性自导鱼雷等技术日趋成熟的新式装备，他们的潜艇连续在远距离突施冷箭，于当晚接连击沉日军巡洋舰两艘、驱逐舰五艘，创伤日军经过现代化改装的战列舰“近江”号，重创日军轻型航母“海鹰”号。
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