叶之魁收到‘被会办’的消息后，指使王士珍，温白山，包不同等幕僚向荣禄献上武毅军将领共同编纂的《新建陆军兵略录存》和《训练操法详晰图说》二书，以使新建陆军的训练有章可循，军纪得以保障。
荣禄看之大喜，真是瞌睡了就有人来送枕头，加之叶之魁练兵收效甚大，武毅军已经被证明了确实是一支牛皮哄哄的军队，他便从武毅军中抽调了大批的将士操练新军，叶之魁则趁机安插亲信分任要职，以其掌握北方各军的新军训练，进而控制新兵。
山东勇营被改名为山东新军先锋队，仍然由聂士成统领，因为正在打仗，这些改编、裁并神马的当然是日后再说了，以免引起前线将士的躁动。
山东巡抚聂士成和直隶提督叶之魁又上奏言道：“山东各地人民抗击列强热情高炙，纷纷成立各种乡团，扶清灭洋，山东勇营、新兵各部前线抗击德军，兵力不足，为安抚各地民众，不致生变，建议朝廷出面改拳勇为民团，以抚为主。”
义和团因为有了叶之魁的暗中支持以及控制，不再像原先历史上那样无组织，无纪律，散沙一盘，而是有目标，有方向的发展，至少如今不是凡与一个‘洋’字扯上关系的都毁之而后快。
隐藏在义和团之中的十三鹰暗士按照上面的指示向惇亲王载濂、端郡王载漪、辅国公载澜、庄亲王载勋、刚毅及其一帮扶助义和团的大臣，赵舒翘、毓贤、董福祥等顽固派秋波暗递，转身投靠。
对于聂士成和叶之魁联名上的折子，朝廷不日便传来慈禧的上谕，剿扶兼施，以抚为主。鉴于山东兵力薄弱，慈禧下旨袁世凯新军入山东进行剿灭，袁世凯小站新兵入山东，必将掀起血风腥雨，搅乱各方形势。
叶之魁正躺在病床上听取山东分部十三鹰负责人五零一的汇报，当听到袁世凯新军入山东时。叶之魁摆了摆手，示意五零一停下来。
叶之魁稍微沉思了一下，下令道：“袁项城此人善于钻营，此人奉慈禧的懿旨剿灭义和团，必将趁机捞取功劳，毫不手软，你这次回去之后，指使一部分听从十三鹰、忠于我等的义和团慢慢向直隶地区发展，对那些行事乖张，不服管教的义和团，就让他们去与袁世凯新军硬碰，一方面能清理义和团的队伍，一方面也能使袁世凯折损一部分兵力。”
五零一微微一弯腰道：“属下领命。”接着又担忧的说道：“叶帅，此次德人偷袭，叶帅身边十三鹰折损不少，是否要属下调派一些人手保护您？”
叶之魁闻言，想到死去的亲兵，脸色一黯淡，说道：“这个你就放心吧，屠叔已经从总部派遣十三鹰精锐过来，不时将到山东，义和团之事，事关重大，大意不得，一旦事情败露，不但大业不能成，我们也再难找到此等良机。”
五零一又问道：“属下一事不明，为何我们要投靠朝中那些顽固派。”
叶之魁微微一笑道：“天机不可泄露，时候一到，你自然明晓，如今你还是做好眼前事重要，厚积薄发，以待天时，你先下去吧。”
“是，叶帅！”五零一领命缓缓退去。
