崇祯十七年，福临在燕京登基称帝，而被崇祯帝册封的第六十四代衍圣公孔胤植立即便在第二天上书清廷称臣。
他在上给顺治的《初进表文》中，不顾廉耻地谀颂鞑子“承天御极，以德绥民”、“六宇共戴君”、“八荒咸歌圣帝”、“山河与日月交辉”、“国祚同者韩并永”，还诚惶诚恐地自称“臣等阙里坚儒，章健微末，曩承列代殊恩，今庆新朝盛治，瞻学之崇隆，趋距恐后”云云。
这真是无耻到了极点！令中华文人儒士为之蒙羞！
这还没完，不久清廷颁布《剃发令》，江阴、嘉定、扬州等地到处是宁愿断头也不剃发的百姓。反倒是孔府大摆香案，举行了隆重的剃发仪式，令族人剃发易服。
大兴军收复南京时，孔胤植已经死去，“衍圣公”一爵由其子孔兴燮承袭，孔兴燮派人到南京上表请降，李元利不为所动，连见都没有见孔府来人。
九月，大兴军进山东曲阜，依法例没收孔家历代朝廷赏赐以及巧取豪夺而来的数千顷良田，并以“卖国罪”杀了孔兴燮，孔家后人全部被贬为平民并迁出孔府，分散迁往云贵广西烟瘴之地，世袭“衍圣公”就此断绝。
若是在其它时候，此举必定会引得天下士人口诛笔伐。但这个时候，有气节的读书人都被鞑子杀了个七七八八，剩下来的也都对孔家降清大为鄙视不满，而那些无骨气降清的文人又都是大兴军清算诛杀的对象，因此孔家被清算，竟然没有引起一点风波。
“拆庙派”理由充足，坚持要拆掉孔庙，“反对派”逐渐支持不住，但在这个时候，李元利却站出来说了一个折衷之法：不拆孔庙，但将之改为文庙。
孔庙原本就又被称为文庙，里面供奉的也不止孔子一人，还有数十位他的门人弟子及其他先贤先儒，将其拆除确实不妥，改为文庙而不独尊孔是最好的办法。
孔庙改名之后，李元利又令人将其中供奉的孔子门人弟子全部拆去，儒家只留孔子一人，另外再加上庄子、孟子、荀子、墨子、孙子、管子、韩非子、鬼谷子等诸子，以示他对诸子百家一视同仁，并不独尊儒家。
事实上，现在的京师大学堂中儒学也只是其中的一门学科，而且大兴军的科举制度，专研儒学的学子也没有任何优势。
满腹诗书的文人并不一定适合做官，也不一定能够治理好地方和国家。
但儒学在京师大学堂中规模仍然是最大的，一是其他学科开创的时间短，没有多少合适的人才，二是李元利准备发挥中华礼仪文化的优势，培养出大量的儒学人才出来，日后好派往朝鲜、倭国、安南等处，教化四夷百姓。
或者有心向中华的四夷士子，也可以将他们招进京师大学堂的儒学中来。
此举也并非李元利首创，前明从洪武三年起，南京国子监便开始招收外国留学生，到明末之时，朝鲜、倭国、琉球诸夷已经有许多人来南京国子监留学。</br>
